El Instituto de Misionología otorga certificados académicos a algunos cursos de formación misionera organizados por diversas instituciones eclesiales. En la actualidad mantiene convenios con el equipo SEMILLA (“Servicios para la Misión y liderazgo en Latinoamérica”) del Centro Misionero Maryknoll (www.semillabolivia.org) y con la Oficina de Misiones de la Arquidiócesis de Cochabamba.